Orchestrating neuroimaging data processing using the 'Snakemake' workflow manager

Preprint que describe Snakemake, un gestor de flujos de trabajo para la orquestación de procesamiento de datos de neuroimagen. Snakemake es un software basado en Python que permite a los investigadores definir reglas mediante un lenguaje de marcado para especificar cómo los archivos de entrada se transforman en archivos de salida. El gestor programa y ejecuta automáticamente las tareas computacionales necesarias, evitando la recalculación innecesaria de resultados existentes y permitiendo la ejecución del flujo completo con un único comando. El artículo introduce los fundamentos conceptuales de Snakemake con ejemplos de aplicación a flujos simplificados de procesamiento de neuroimagen, demostrando cómo esta herramienta genera procesos interpretables, eficientes y reproducibles.

Puntos clave

• Snakemake es un gestor de flujos de trabajo basado en Python que permite describir transformaciones de datos mediante reglas declarativas para automatizar procesos complejos.
• El software coordina múltiples paquetes de software y ejecuta tareas computacionales de forma inteligente, evitando recomputar resultados ya generados y optimizando el uso de recursos.
• Los flujos de trabajo creados con Snakemake son reproducibles, interpretables y pueden ejecutarse completamente mediante un único comando, facilitando la colaboración científica y la auditoría de análisis.

Para quién: Investigadores en neuroimagen y neurocientíficos que necesitan automatizar, documentar y reproducir pipelines complejos de procesamiento de datos en estudios de imagen cerebral.